Månadsarkiv: juni 2016

Trasslig press

Publicerat av
Svara

När jag skriver mina inlägg för denna blogg går jag till väga som jag beskrev den 1 november 2014: jag sparar inläggen som markdownfiler på min hårddisk och använder sedan Pandoc (Mac⁠Farlane 2016) för att överföra dem till HTML. På så vis kan jag automatisera hanteringen av bibliografier, fotnoter och så vidare. Sedan en tid tillbaka har jag använt mig av ett skript som dels sköter kompileringen med Pandoc, dels överför den på så sätt genererade HTML-koden till bloggen på automatisk väg, utan att jag behöver gå via WordPress webbgränssnitt. När inlägget postats returneras det ID-nummer som det tilldelats på bloggen, vilket sedan lagras i den ursprungliga källfilen. På så vis har jag enkelt kunnat göra ändringar i befintliga inlägg via skriptet.

WordPress har ett så kallat API som bygger på standarden XML-RPC för att göra det möjligt att fjärrstyra programmet, vilket jag använt mig av i mitt skript. Nu har detta emellertid slutat att fungera, och jag hittar ingen lösning. När jag söker på XML-RPC och WordPress verkar det mest som folk är arga på detta API och vill ha hjälp att stänga av det, eftersom det ofta utnyttjats för olika former av angrepp. Det tycks också som det är på väg att fasas ut till förmån för ett nyare API som använder sig av standarden REST. Jag provade att göra om skriptet så att det i stället använder sig av detta system.

Detta innebar emellertid nya problem, även om det nya API:et i sig är smidigt. För att autentisera sig är det nödvändigt att använda så kallad Basic Auth, alltså att skicka användarnamn och lösenord i ett HTTP-huvud, eller av det mer komplicerade OAuth. Det första systemet fungerade inte: det verkar som om uppgifterna filtrerades bort, och olika lösningsförslag jag sett har inte hjälpt. OAuth bygger, i alla fall i den version som används av WordPress, på att det externa programmet först får tillåtelse att kommunicera med WordPress och att användaren sedan får logga in via webbsidan. Det är avsett för att en webbtjänst skall kunna nås via webbsidor från tredje part utan att användaren skall behöva ge sina uppgifter till dessa, och det är ohanterligt med skript som inte körs i webbläsaren. Fler än jag har bekymmer med att ingen av metoderna passar (Pöntinen 2015).

Jag kan förstås återgå till att bara generera en HTML-fil via Pandoc och sedan klistra in dess bodyinnehåll i WordPress webbgränssnitt (det är så jag gör med detta inlägg), men det innebär en förlust i smidighet, speciellt om jag vill göra smärre ändringar i inläggen i efterhand. Så nu försöker jag mig i stället på att generera bloggen på min dator med hjälp av Hakyll (Jeugt 2016) – ett program som är gjort för att samarbeta med Pandoc och, i likhet med Pandoc, är utvecklat i Haskell, och som jag tidigare använt för Mortalitetsdiagram. Jag har lagt upp ett utkast till en webbplats innehållande en replik av förra inlägget på denna blogg. Hittills verkar det fungera bra. Den stora nackdelen med system av denna typ är att det inte finns något inbyggt stöd för kommentarer, när allt är lagrat som fasta HTML-filer på webbservern. Därför har jag bäddat in Disqus för att möjliggöra kommentering, även om det vore trevligt att slippa beroende av sådana externa system.

Referenser

Jeugt, Jasper Van der. 2016. ”Hakyll”. https://jaspervdj.be/hakyll/.

Mac⁠Farlane, John. 2016. ”About Pandoc”. http://pandoc.org/.

Pöntinen, Viktor. 2015. ”Can’t get auth working, 403 Forbidden Error #21”. https://github.com/WP-API/Basic-Auth/issues/21.

Smutsig träning

Publicerat av
Svara

I förra veckan publicerades en artikel av Agnes Wold, där hon diskuterar trender för olika typer av hälsoproblem (Wold 2016). Hon tar upp divergerande trender för de två typerna av diabetes: typ 1, som är autoimmun, och typ 2, som beror på insulinresistens. Typ 1 är, när olika länder jämförs, vanligast i Sverige, näst Finland, och tenderar att bli vanligare med ökat välstånd. Andra autoimmuna sjukdomar och allergier följer ett liknande mönster, och en teori är att det är den goda hygienen i rika länder som gör att immunförsvaret blir ”överkänsligt”. Typ 2-diabetes är däremot mindre vanligt i Sverige än i de flesta andra länder, och incidensen (antalet sjukdomsfall i relation till folkmängden) är på nedåtgående, även om prevalensen (andelen som lever med sjukdomen) ökar, till följd av bättre överlevnad bland diabetikerna.

Wold påtalar att även hjärtinfarkterna minskat drastiskt de senaste årtiondena trots att vikten ökat i befolkningen och typ 2-diabetes och hjärtinfarkt brukar benämnas som fetmarelaterade sjukdomar. Hon hänvisar till epidemiologiska studier av medelålders personer där dödligheten är lägre bland de ”överviktiga”, med BMI 25–30, än bland de ”normalviktiga”, med BMI 18,5–25, och konstaterar att de som arbetar med folkhälsa inte verkar ta till sig detta ”hoppfulla budskap”, utan framställer svenskt medel-BMI (på 24/26 bland kvinnor/män) som farligt. Det vore enligt henne mer konstruktivt att inrikta levnadsråden på att motarbeta de immunrelaterade sjukdomar som nu ökar. Enligt den nämnda hygienhypotesen förutsätter det att vi ser till att träna immunförsvaret, och den bästa gissningen för hur det skall gå till går ut på att leva ”likt dem som får minst allergi”, vilket innebär ett ”lite gammaldags ofräscht” leverne, att bo trångt, med många barn och djur, dricka opastöriserad mjölk, suga på barnens nappar och äta från grannens tallrik.

Några förklaringar till observationen att lätt överviktiga medelålders personer har lägre dödlighet än normalviktiga diskuteras inte i artikeln. Det diskuteras inte hur det går ihop med resultaten i stora prospektiva studier på unga människor, som den på mönstrande israeliter jag nämnde här den 23 april, där även lätt överviktiga har förhöjd total dödlighet, vilket framför allt verkar drivas av ökad dödlighet i kranskärlssjukdom. I en metaanalys av 57 studier om orsaksspecifik dödlighet i relation till BMI bland personer i åldern 35–89 år var total dödlighet lägst vid BMI på 22,5–25 och inte tydligt ökad vid BMI 25–27,5, efter justering för ålder och rökning och exkludering av de som dött under de 5 första uppföljningsåren (Prospective Studies Collaboration 2009). Den ökade dödligheten vid lägre BMI-nivåer förklarades i huvudsak av KOL och cancer i lungor, mun, svalg, struphuvud och matstrupe, men det finns frågetecken kring hur denna dödlighet interagerade med faktorer som rökning och alkohol. Kranskärlsdödligheten ökade med BMI även bland personer med BMI under 25. I en svensk studie var viktnedgång bland överviktiga medelålders män utan rapporterad allvarlig sjukdom kopplad till ökad icke cancerrelaterad dödlighet (P. M. Nilsson m.fl. 2002). Författarna spekulerar i att det skulle kunna förklaras av att tidigt åldrande kan ge upphov till ”involution”, att kroppen krymper ihop. Mot bakgrund av detta kan det finnas skäl att vara försiktig både med att hävda att det skulle vara något i sig hälsosamt med lätt övervikt och att hävda att det tvärtom är självklart att lätt överviktiga medelålders eller äldre personer kan förlänga livet genom att gå ned i vikt.

De senaste decenniernas BMI-ökning i befolkningen har inte kunnat rubba minskningen av kranskärlsdödlighet och av incidens i hjärtinfarkt, men den har alltså knappast heller bidragit till dessa trender. Författare som Azambuja (2004), Grimes (2012) och Fanu (2011) har framfört hypoteser om att infektioner spelat en avgörande roll för tidstrender i kranskärlssjukdom. Om vi, på det sätt Wold målar upp, sänkte hygiennivån till den som rådde i Sverige för låt oss säga ett halvsekel sedan och samtidigt upprätthöll vår höga vaccinationstäckning, skulle vi kanske kunna reducera förekomsten av allergier och autoimmuna sjukdomar och samtidigt i stort sett undvika de välkända allvarliga infektioner som var stora folkhälsoproblem i äldre tid, som tuberkulos, mässling och svåra akuta magtarminfektioner.1 Däremot kunde det, om de ovannämnda författarna har rätt, befaras att vi åter skulle få ökade problem med kranskärlssjukdom, till följd av infektioner som det idag inte finns vaccin eller effektiv behandling mot och som sprids under de hygieniska förhållanden som rådde innan kranskärlsdödligheten började minska.

Referenser

Azambuja, Maria Inês Reinert. 2004. ”Spanish flu and early 20th-century expansion of a coronary heart disease-prone subpopulation”. Red. S. Ward Casscells och Mohammad Madjid. Tex Heart Inst J 31 (1): 14–21. http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC387427/.

Fanu, James Le. 2011. The rise and fall of modern medicine. 2. uppl.

Grimes, D.S. 2012. ”An epidemic of coronary heart disease”. QJM 105. doi:10.1093/qjmed/hcr265.

Nilsson, P. M., J.-Å. Nilsson, B. Hedblad, G. Berglund och F. Lindgärde. 2002. ”The enigma of increased non-cancer mortality after weight loss in healthy men who are overweight or obese”. Journal of Internal Medicine 252 (1): 70–78. doi:10.1046/j.1365-2796.2002.01010.x.

Prospective Studies Collaboration. 2009. ”Body-mass index and cause-specific mortality in 900 000 adults: Collaborative analyses of 57 prospective studies”. Lancet 373 (9669): 1083–1096. doi:10.1016/S0140-6736(09)60318-4.

Wold, Agnes. 2016. ”Länge leve de överviktiga”. Fokus (17 juni). http://www.fokus.se/2016/06/lange-leve-de-overviktiga/.

  1. Några skulle säga att det trångbodda levernet med en massa barn skulle öka antalet lindriga febrila infektioner och leda till mindre cancer, men dessa hypoteser ter sig tveksamma, som jag skrev om den 14 maj, och under tiden som den immunrelaterade sjukligheten ökat har också cancerdödligheten minskat, framför allt bland yngre, och cancerincidensen har inte ökat för flertalet former som inte påverkas av screening.↩

Drottning Victorias grönsaksland

Publicerat av
Svara

Ett par brittiska forskare, Judith Rowbotham och Paul Clayton, har under några år propagerat för kosten i England under den mellanviktorianska tiden, från 1850-talet till 1870-talet, som ett föredöme ur hälsosynpunkt. De har publicerat artiklar i medicinska tidskrifter (Rowbotham och Clayton 2008; Clayton och Rowbotham 2009) och i mer populära medier (Rowbotham och Clayton 2015). Enligt Rowbotham och Clayton (2015) var den förväntade livslängden för en 5-åring under den viktorianska tiden 73 år för en kvinna och 75 år för en man, vilket till och med är mer än livslängden för män i arbetarklassen och lägre medelklassen idag, och folk höll sig också raska in i det sista. Att de viktorianska engelsmännen kunde uppnå en sådan livslängd utan modern hygien och sjukvård förklaras med hänvisning till deras kosthåll: även de fattiga hade råd med lök, vattenkrasse, kål, rödbeta, jordärtskocka, äpple och körsbär, och färsk fisk var också vanligt förekommande. De anger 1872 som den näringsmässiga guldålderns slutår: sedan började det gå utför, med importerade salt- och sockerrika födoämnen.

Clayton och Rowbotham (2009) anger också, i abstract, att livslängden vid 5 års ålder under den mellanviktorianska tiden var lika bra som eller bättre än idag och att incidensen i degenerativa sjukdomar var 10 procent av nutidens. Några sidor in i artikeln sägs emellertid att 65-åriga kvinnor kunde förväntas leva i 8 år och män i 10 år, vilket alltså ger en total förväntad livslängd på 73/75 år. Något specifikt om förhållandena vid 5 års ålder sägs inte. Enligt tabeller tillgängliga via University of California, Berkeley och Max Planck Institute for Demographic Research (2014) var den förväntade återstående livslängden vid 5 års ålder i England och Wales 1850 51,6/51,3 år för kvinnor/män, och 1872 var den 52,6/50,1 år.

Men det skulle ändå kunna vara så att den korta livslängden berodde på sådant som tuberkulos, infektioner och trauma, och att de hade låg dödlighet i till exempel hjärtsjukdomar och cancer. Rowbotham och Clayton (2008) och Clayton och Rowbotham (2009) har dock inte mycket substantiellt att säga på den punkten. I båda artiklarna finns ett diagram över fördelningen av dödsorsaker i England och Wales 1880 jämfört med 1997, där det framgår att cancer och sjukdomar i cirkulationsorgan stod för mindre än 10 procent av dödsfallen 1880, men detta tenderar uppenbarligen att snedvridas av hög konkurrerande dödlighet i exempelvis infektioner. Gage (2005) visar på att åldersjusterade dödstal i degenerativa sjukdomar (främst cirkulationssjukdom och cancer) i England och Wales ökade med ca en tredjedel från 1861 till 1901. Men denna uppgång uppvägs av en nedgång i sådan dödlighet som tillskrivs ”andra och okända dödsorsaker”, vilket inkluderar sådant som ålder, och kan därför förklaras av mer precis rapportering. Efter 1901 förblev dödstalen i degenerativa sjukdomar relativt konstanta fram till 60-talet (vilket är så långt som Gages data sträcker sig), samtidigt som de ospecifika dödsorsakerna fortsatte minska. På senare år har också dödstal i specifika degenerativa sjukdomar (som kranskärlssjukdom) minskat i England och Wales, som i andra rika länder (se Mortalitetsdiagram).

Rowbotham och Clayton kan ha rätt i att en kost sammansatt som på den viktorianska tiden skulle medföra en del hälsofördelar jämfört med ett typiskt modernt engelskt kosthåll, men de är knappast tillräckliga för att medföra minimal dödlighet i degenerativa sjukdomar utan modern sjukvård.

Referenser

Clayton, Paul och Judith Rowbotham. 2009. ”How the mid-Victorians worked, ate and died”. Int J Environ Res Public Health 6 (3): 1235–1253. doi:10.3390/ijerph6031235.

Gage, Timothy B. 2005. ”Are modern environments really bad for us?: Revisiting the demographic and epidemiologic transitions”. American Journal of Physical Anthropology 128 (S41): 96–117. doi:10.1002/ajpa.20353.

Rowbotham, Judith och Paul Clayton. 2008. ”An unsuitable and degraded diet? Part three: Victorian consumption patterns and their health benefits”. Journal of the Royal Society of Medicine 101 (9): 454–462. doi:10.1258/jrsm.2008.080114.

———. 2015. ”Forget paleo, go mid-Victorian: It’s the healthiest diet you’ve never heard of”. Spectator Health (12 november). https://health.spectator.co.uk/forget-paleo-go-mid-victorian-its-the-healthiest-diet-youve-never-heard-of/.

University of California, Berkeley och Max Planck Institute for Demographic Research. 2014. ”Human Mortality Database”. http://www.mortality.org/.